企業併購法租稅優惠逐條解說：第39～45條適用要件與常見誤解

重點摘要

• 企業併購法第39條第1項的租稅優惠，只適用於「合併」，或分割、依第27～30條收購而以有表決權股份支付達全部對價65%以上的交易。
• 符合第39條者，契據憑證免徵印花稅、取得不動產免徵契稅、移轉有價證券免徵證交稅、移轉貨物或勞務非屬營業稅課徵範圍，土地增值稅准予記存。
• 土地增值稅記存後3年內，被收購或被分割公司轉讓股份致持股低於原取得對價65%者，應補繳記存的土地增值稅（第39條第2項）。
• 併購產生的商譽得於15年內平均攤銷（第40條），併購費用得於10年內平均攤銷（第41條）。
• 母公司持有子公司90%以上股份，可選擇合併辦理營所稅結算申報（第45條）；變更後5年內不得再選擇。

企業併購法（以下簡稱企併法）第39條至第45條是台灣併購交易最主要的租稅條文。它們不是自動適用：第39條的稅捐減免以「合併」或「以股份為主要對價」為前提，商譽、費用攤銷與虧損承繼也各有要件。單純用現金買營業或資產，通常不能主張第39條的優惠。

一、適用前提：誰是「公司」、什麼是「併購」

結論：企併法所稱公司限於股份有限公司，併購指合併、收購與分割；不符合這兩個定義，就談不上適用租稅條文。

企併法第4條定義如下：

• 公司：依公司法設立的股份有限公司（第1款）。有限公司不在其列。
• 併購：公司的合併、收購及分割（第2款）。
• 收購：公司依企併法、公司法、證交法等規定，取得他公司的股份、營業或財產，並以股份、現金或其他財產作為對價（第4款）。
• 分割：公司將得獨立營運的一部或全部營業，讓與既存或新設的他公司，由受讓公司以股份、現金或其他財產支付對價（第6款）。

由於「公司」限於股份有限公司，若交易一方是有限公司，是否能適用企併法的租稅規定，需要另外確認，本文不作推論。

二、第39條：五款稅捐優惠與65%門檻

結論：第39條是最常被引用的條文，但它的門檻非常明確——合併一律適用；分割與收購則要「以有表決權股份支付達全部對價65%以上」。

2-1 條文前提

第39條第1項：「公司進行分割或依第二十七條至第三十條規定收購財產或股份，而以有表決權之股份作為支付被併購公司之對價，並達全部對價百分之六十五以上，或進行合併者，適用下列規定」。拆解如下：

「有表決權之股份」是關鍵字：以現金、債權或無表決權特別股支付的部分，不計入65%。

2-2 五款優惠內容

對照平時負擔：買賣契稅為契價6%（契稅條例第3條）、股票證交稅千分之三（證券交易稅條例第2條）、營業稅現行徵收率5%、不動產契據印花稅千分之一（印花稅法第7條）。

2-3 土地增值稅「記存」不是「免徵」

第5款規定，公司所有的土地經申報審核確定移轉現值後即辦理移轉登記，土地增值稅「准予記存於併購後取得土地之公司名下；該項土地再移轉時，其記存之土地增值稅，就該土地處分所得價款中，優先於一切債權及抵押權受償」。

稅款是遞延，不是免除。土地增值稅依土地稅法第33條按漲價倍數適用20%、30%、40%累進稅率，評估併購價格時應將記存稅額視為潛在負債。

2-4 第2項：3年內持股低於65%要補繳

第39條第2項規定：土地增值稅記存後，被收購公司或被分割公司若在土地完成移轉登記日起3年內轉讓對價取得的股份，致持股低於原取得對價的65%，應補繳記存的土地增值稅；未繳清時，由收購公司、分割後既存或新設公司代繳。

因此交易文件宜約定3年持股鎖定期及違反時的補償。

三、第40條：商譽15年攤銷

結論：併購產生的商譽，稅務上可在15年內平均攤銷，但須提示文件、具合理商業目的，由稽徵機關認定。

第40條第1項：「公司進行併購而產生之商譽，得於十五年內平均攤銷。」第2項要求提示合理商業目的、併購成本、可辨認淨資產公允價值等文件，由主管稽徵機關認定，並明定排除情形：「但納稅義務人依會計處理規定不得認列商譽、無合理商業目的、藉企業併購法律形式之虛偽安排製造商譽或未提供相關證明文件者，不予認定。」

收購方應在交易階段保存評價報告與公允價值評估等價格依據。

四、第41條：併購費用10年攤銷

結論：為併購所支出的費用，可於10年內平均攤銷。

第41條：「公司進行併購而產生之費用，得於十年內平均攤銷。」條文只規定攤銷年限，具體哪些支出屬「併購而產生之費用」，本文未查得官方列舉，實務上宜保存委任契約與發票，並與會計師確認認列方式。

五、第42條：租稅優惠的承繼（概述）

結論：被併購公司原本享有、尚未屆滿的租稅優惠，在一定條件下可由存續或新設公司承繼。

第42條規範的是併購後存續或新設公司，能否繼續享有被併購公司尚未屆滿的租稅優惠。本文僅取得條文摘要，未逐字查證各項要件，因此不展開說明。若被併購公司享有投資抵減或其他租稅獎勵，應請會計師依條文原文逐項確認承繼條件。

六、第43條：合併虧損的承繼

結論：參與合併公司的虧損可由存續或新設公司扣除，但要符合藍色申報或會計師簽證等要件，且按股東持股比例計算。

第43條第1項規定，公司合併，其虧損及申報扣除年度，會計帳冊簿據完備，均使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期辦理申報並繳納所得稅額者，合併後存續或新設公司得將各參與合併公司於合併前依所得稅法第39條得扣除的各期虧損，「按各該公司股東因合併而持有合併後存續或新設公司股權之比例計算之金額，自虧損發生年度起十年內從當年度純益額中扣除」。

6-1 要件整理

6-2 情境示例（假設情境，非真實個案）

甲公司吸收合併乙公司。乙公司合併前依所得稅法第39條得扣除的虧損為新臺幣2,000萬元。合併後，原乙公司股東持有甲公司（存續公司）30%的股權。

• 可承繼扣除的虧損：2,000萬 × 30% ＝ 新臺幣600萬元
• 扣除期間自虧損發生年度起算10年，而非自合併年度起算；虧損發生得越早，合併後剩下的扣除年度越少。

收購方若期待利用被併購公司虧損，應先確認比例與年限，並檢查乙公司歷年是否確實符合藍色申報或簽證要件。

分割的虧損扣除另有類似規定，本文未逐字查證，不展開。

七、第44條：讓與營業取得股份80%以上

結論：公司將全部或主要營業或財產讓與他公司，取得有表決權股份達對價80%以上並全數轉予股東者，讓與所得免徵營所稅。

第44條第1項：「公司讓與全部或主要之營業或財產予他公司，取得有表決權之股份達全部交易對價百分之八十以上，並將取得之股份全數轉予股東者，其因讓與營業或財產而產生之所得，免徵營利事業所得稅；其因而產生之損失，亦不得自所得額中減除。」

要件拆解：

1. 讓與的是「全部或主要」的營業或財產；
2. 對價中有表決權股份達80%以上（比第39條的65%更高）；
3. 取得的股份全數轉予股東；
4. 效果是讓與所得免徵營所稅，同時讓與損失也不得減除。

第44條處理營所稅；營業稅依第39條第1項第4款。

八、第45條：90%持股的連結稅制

結論：母公司持有子公司90%以上股份，可以選擇合併申報營所稅，但選定後原則上不得變更，變更後5年內不得再選擇。

第45條規定（本文依條文摘要整理）：母公司持有子公司已發行股份（或資本額）90%以上，可以自持有期間在一個課稅年度內滿12個月的年度起，選擇合併辦理營利事業所得稅結算申報。選定後原則上不得變更；變更後5年內不得再選擇。

具體申報要件與適用範圍，請以條文原文及會計師意見為準。

九、合併時的營業稅與留抵稅額

結論：依企併法合併時，消滅公司移轉貨物與勞務不屬營業稅課徵範圍，毋須開立統一發票，累積留抵稅額退還存續或新設公司。

臺北國稅局營業稅問答引用財政部93年1月14日台財稅字第0920457423號令說明：依企業併購法合併時，消滅公司移轉貨物及勞務給存續或新設公司，不屬營業稅課徵範圍，「消滅公司毋須開立統一發票」；消滅公司的累積留抵稅額，應退還給合併後的存續或新設公司。

相對地，若不是依企併法合併，而是個別出售存貨或固定資產，原則上仍須開立發票、課營業稅。例如北區國稅局2026年2月13日新聞稿說明，獨資商號變更負責人時，原負責人將存貨及固定資產移轉給新負責人，應按時價開立統一發票並報繳營業稅。

十、常見誤解整理

結論：最常見的錯誤是把「併購」當成一個籠統概念，忽略每條租稅規定各自的交易型態與比例門檻。

情境示例：65%門檻怎麼算（假設情境，非真實個案）

丙公司依第27條收購丁公司的主要營業與財產，總對價新臺幣1億元，其中以丙公司普通股（有表決權）支付新臺幣6,000萬元、現金4,000萬元。

• 股份對價比例：6,000萬 ÷ 1億 ＝ 60%，未達65%，不適用第39條。
• 若改為股份7,000萬元、現金3,000萬元，比例為70%，達65%門檻。
• 若股份部分是無表決權特別股，不計入「有表決權之股份」。

常見問題

Q1：企業併購法第39條的租稅優惠，現金收購可以適用嗎？

分割與收購必須以有表決權股份支付達全部對價65%以上才適用第39條；若以現金為主要對價，未達65%，就不能主張免徵印花稅、契稅、證交稅等優惠。合併則不受這個比例限制。

Q2：併購時土地增值稅是免繳還是延後繳？

是延後繳。依企業併購法第39條第1項第5款，土地增值稅准予記存於併購後取得土地的公司名下，該土地再移轉時，記存稅額就處分價款優先於一切債權及抵押權受償。

Q3：什麼情況下記存的土地增值稅要補繳？

依第39條第2項，被收購公司或被分割公司在土地完成移轉登記日起3年內轉讓對價取得的股份，使持股低於原取得對價的65%，應補繳記存的土地增值稅；未繳清時由收購公司或分割後既存、新設公司代繳。

Q4：併購產生的商譽可以攤銷幾年？

依企業併購法第40條，得於15年內平均攤銷，但須提示合理商業目的、併購成本、可辨認淨資產公允價值等文件，經稽徵機關認定；無合理商業目的或虛偽安排製造的商譽不予認定。

Q5：公司合併後，可以用被合併公司的虧損抵稅嗎？

可以，但有條件。依企業併購法第43條，參與合併公司須帳冊完備、使用藍色申報書或經會計師簽證並如期申報繳稅，可承繼的虧損按其股東因合併而持有存續公司股權的比例計算，自虧損發生年度起10年內扣除。

Q6：什麼是連結稅制？持股要多少才能適用？

依企業併購法第45條，母公司持有子公司已發行股份或資本額90%以上，可選擇合併辦理營所稅結算申報。選定後原則上不得變更，變更後5年內不得再選擇。

參考法規與資料來源

• 企業併購法第4條、第27條、第39～45條：https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawAll.aspx?pcode=J0080041
• 臺北國稅局營業稅問答Q20（引財政部93.1.14台財稅字第0920457423號令）：https://www.ntbt.gov.tw/singlehtml/0baa381b53034993a08862dfde2243b9?cntId=700f1e9da6da44ae9b7e2d6bcb3d6361
• 所得稅法第39條：https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawAll.aspx?pcode=G0340003
• 土地稅法第33條：https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawAll.aspx?pcode=G0340096
• 契稅條例第3條（財政部主管法規共用系統）：https://law-out.mof.gov.tw/LawContent.aspx?id=FL006156
• 印花稅法第7條（財政部主管法規共用系統）：https://law-out.mof.gov.tw/LawContent.aspx?id=FL006125
• 證券交易稅條例第2條（財政部主管法規共用系統）：https://law-out.mof.gov.tw/LawContent.aspx?id=FL006079
• 加值型及非加值型營業稅法第10條：https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawAll.aspx?pcode=G0340080
• 北區國稅局2026年2月13日新聞稿（獨資商號移轉存貨及固定資產）：https://www.mof.gov.tw/singlehtml/384fb3077bb349ea973e7fc6f13b6974?cntId=42192261869b48bdb7f77ea9d34dc232

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本文依截至 2026 年 10 月 15 日之法規與公開資料撰寫，僅供一般知識參考，不構成法律、稅務或財務建議。個案請洽律師、會計師等專業人士。